Научный сотрудник, кандидат геолого-минералогических наук. В 1975 г. окончил геологический факультет Ленинградского государственного университета и поступил на работу в Институт геологии Коми филиала АН СССР на должность старшего лаборанта (старший лаборант, младший научный сотрудник, научный сотрудник). В1976–1980 гг. обучался в заочной аспирантуре.
В 1983 г. в Институте геологии и геохимии Уральского отделения АН СССР защитил кандидатскую диссертацию на тему «Петрология габбро-сиенит-гранитной ассоциации Северного Тимана».
Область научных интересов — общая петрография.
М. Н. Костюхин детально изучил метасоматические, магматические и гидротермально-метасоматические образования фундамента Северного Тимана, разработал схему их развития и взаимосвязи, провел формационный анализ и установил физико-химические условия их образования.
Он доказал, что изученные им магматические породы составляют единый габбро-сиенит-гранитный магматический комплекс, относящийся к габбро-сиенитовой формации. Формирование комплекса происходило в венд-раннекембрийское время и было связано с разрывными нарушениями стадии стабилизации байкалид. К первой интрузивной фазе относятся габбро. Во вторую фазу почти одновременно формировались сиениты и граниты. Последними внедрялись дайки щелочных габброидов.
Он установил, что основным видом полезных ископаемых в породах выделенного им комплекса, является апатит-титаномагнетитовоеоруденение в габбро. С сиенитами связаны ниобиевые и редкоземельные проявления, а с гранитоидами — молибденовые. Наиболее перспективными для поисков являются северо-западные и субширотные зоны дислокационного метаморфизма метасоматически переработанных сиенитов и гранитоидов. С 1984 г. М. Н. Костюхин начал изучение гипербазитов севера Урала. Им была разработана оригинальная схема формирования полосчатой габбро-гипербазитовой серии, представляющей собой, по его мнению, своеобразные глубинные мигматиты.
По материалам исследований М. Н. Костюхиным лично и в соавторстве опубликовано двадцать семь научных работ, в их числе монография «Байкальский магматизм Канино-Тиманского региона» (Л.: Наука, 1987. 232 с.).
Умер 31 мая 1993 г. Похоронен в г. Сыктывкаре.
